2000年8月8日，浦东新区建政。浦东新区区委、区人大、区政府、区政协和区纪委在浦东大道141号举行揭牌仪式。9月30日，中共浦东新区区委、区人大常委会、区人民政府、政协浦东新区委员会及所属工作机构迁入世纪大道2001号办公。

2009年8月8日，浦东新区政府宣布国务院已正式批准设立上海浦东机场综合保税区，总面积约3.59平方公里。浦东成为全国海关特殊监管区域类型最丰富、功能最完善的区域。

该保税区位于浦东国际机场西侧，主要功能是国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工，并开展商品展示以及仓储物流、检测维修等增值业务。政策方面，浦东机场综合保税区内将实行与洋山保税港区相同的海关特殊监管、税收、外汇等各项政策，其中包括营业税等方面的一系列优惠。

机场综合保税区批复意味着自此浦东新区沿东海的100多公里岸线上，由北向南分布着外高桥港、上海浦东国际机场空港、洋山港和外高桥保税区、上海浦东机场综合保税区、洋山保税港区，形成了国内要素禀赋最为集中的“三港三区”格局。